In der Sternenflottencharta, Artikel 14, Sektion 31 steht unter anderem, dass es "in Zeiten außergewöhnlicher Bedrohungen erlaubt ist, die Vorschriften außer Kraft zu setzen." Der Eintrag ist bereits in der Charta der Erd-Sternenflotte im 22. Jahrhundert unter Dienstvorschrift, Artikel 14, Paragraph 31 zu finden. Basierend auf diesem Eintrag in der Charta wurde die Organisation "Sektion 31" gegründet. Es gibt weder ein offizielles Hauptquartier, noch schriftliche Unterlagen über Sektion 31, außer den Abschnitt in der Sternenflottencharta. Aufträge, Struktur und Mitglieder sind nur in den Köpfen der Agenten existent.

Diese geheime Organisation handelt außerhalb der Gesetze der Föderation und ohne offiziellen Auftrag, teilweise sogar mit inhumanen Praktiken um die Vereinigte Föderation der Planeten mit allen Mitteln zu schützen. Ihr Einfluss reicht weit in die Machtzentren der Föderation und Sternenflotte, ohne dass die Allgemeinheit überhaupt etwas von dieser Organisation weiß. Innerhalb der Sternenflotte treten sie gegebenenfalls als Teil des Geheimdienstes auf. Sektion 31 hat auch Agenten in fremden Militär- und Regierungseinrichtungen.

22. und 23. Jahrhundert
Während sie im 22. Jahrhundert vor der Föderationsgründung im Geheimen agieren, stellen sie im 23. Jahrhundert einen machtvollen Teil der Sternenflotte dar. Ihnen stehen modernste Technologien zur Verfügung, eigene tarnfähige Schiffe und Crews, sogar ein eigenes Uniformabzeichen. Sektion 31 zeigt sich für "Control" verantwortlich, bis die KI außer Kontrolle gerät und die Sektion 31 Mitglieder großflächig eliminiert und deren Schiffe übernimmt, ehe die KI gestoppt werden kann. Vermutlich resultiert daraus, dass die Organisation von der öffentlichen Bildfläche verschwindet und sie wieder im Geheimen agiert.

24. Jahrhundert
Im 24. Jahrhundert ist Sektion 31 wieder eine geheime Organisation, über die fast niemand etwas weiß. Wenn die Agenten Personen rekrutieren wollen, führen sie ausführliche Tests ohne das Wissen ihrer "Rekruten" durch. Darunter fallen diverse Tests um die Treue zur Föderation und den Grad der möglichen Risikobereitschaft und Entschlossenheit festzustellen. Geben sich die Mitglieder zu erkennen, tragen sie in der Regel schwarze Lederkleidung, setzen Abhörmaßnahmen außer Kraft und Stören die Kommunikation.

Über ihre Aktionen wird logischerweise nur wenig bekannt. Jedoch wurde der Virus, welcher einen Genozid der Gründer des Dominions auslösen sollte von Sektion 31 erschaffen und verbreitet.

Es ist davon auszugehen, dass der Test der illegalen Interphasen-Tarnvorrichtung im 24. Jahrhundert von Sektion 31 initiiert wurde. (TNG: "Das Pegasus-Projekt" & ENT: "Dies sind die Abenteuer") Die Umsiedlung der Ba'ku im neunten Kinofilm, soll laut der Romane ebenfalls hinter den Kulissen durch Sektion 31 gelenkt worden sein.