Seit langer Zeit verbindet ihn eine Freundschaft mit Trip Tucker, den er auch auf sein Schiff holt. Zu Erika Hernandez, Captain der Columbia, hat er früher eine Liebesbeziehung gehabt.
Als Captain stellt Archer zu vielen Zivilisationen und Spezies den Erstkontakt her und ist maßgeblich daran beteiligt Frieden in den Sektor zu bringen. Er schlichtet zwischen alten Feinden und seine Bemühungen führen nach dem Irdisch-Romulanischen-Krieg zur Gründung der Föderation.
Später wird Archer zum Admiral im Sternenflottenkommando, anschließend Botschafter auf Andoria und Mitglied im Föderationsrat. Ihm wird schließlich sogar die Ehre zuteil, Präsident der Vereinigten Föderation der Planeten zu werden. (Siehe ENT: "Die dunkle Seite des Spiegels")
