Durch den Friedensvertrag zwischen Cardassianern und Föderation fällt seine Heimatwelt an die Cardassianer. Daraus resultiert auch der Tod seines Vaters. Erst durch seinen Tod ändert sich Chakotays Sichtweise zu den Traditionen seines Volkes und er übernimmt sogar die Tätowierung seines Vaters.
2368 legt er im Rang eines Lieutenant Commanders sein Offizierspatent nieder und schließt sich dem Maquis an. Er wird Kommandant eines Maquis-Schiffes, mit welchem er gegen die Cardassianer kämpft. Er ahnt nicht, dass sowohl Sternenflotte, als auch Cardassianer einen Spion an Bord haben.
Als sein Schiff und kurz darauf die Voyager in den Delta-Quadranten geschleudert werden, opfert er sein eigenes Schiff, um sicherzustellen, dass den feindlichen Kazon keine überlegene Technologie in die Hände fällt, mit der sie die hilflosen Ocampa angreifen können und das gleichgewicht der Macht in dieser Region des Weltraums verändern. Er rettet seine Crew auf die Voyager und wird dort von Captain Janeway zum Nachfolger des getöteten Lieutenant Commander Cavits zum Ersten Offizier ernannt.
Chakotay ist während der Reise sehr bemüht beide Crews zu vereinen und nimmt die Aufgabe als XO des Schiffes sehr ernst. Vor allem zu Beginn der Reise dient er als Bindeglied zwischen Sternenflotte und Maquis. Im Laufe der langen Heimreise zur Erde zeigt er sich dem Schiff und Janeway gegenüber sehr loyal und dient ihr und dem Schiff immer als Berater. Er lässt während dieser Zeit gegenseitige Zuneigung nie zu mehr als einer engen Freundschaft werden.
Chakotay verliebte sich am Ende der Reise zur Erde in Seven of Nine, die ihre aufkeimenden menschlichen Gefühle mit ihm auslebt.
Als Captain kommendiert er später die experimentelle U.S.S. Protostar NX-76884 mit ihrem Proto-Warpantrieb. Durch eine Zeitanomalie landet das Schiff in der Zukunft und die Crew wird gefangen genommen, schafft es aber zu verhindern, dass die Vau N'Alat mit dem Schiff in die Vergangenheit reisen und schickt es ohne Crew zurück. Seitdem gilt er als verschollen.
