Der Ire Miles O'Brien tritt in die Mannschaftslaufbahn der Sternenflotte ein und dient im Cardassianischen Krieg als taktischer Junioroffizier auf der U.S.S. Rutledge unter Captain Benjamin Maxwell. An der Front bekommt er die Gräueltaten des Krieges hautnah mit. So erlebt so zum Beispiel das Setlik III Massaker mit, wo er dank seinem technischem Können einen Feldtransporter reparieren kann und sich mit weitere Sternenflottenangehörigen vor einer cardassianischen Patrouille retten kann. Dies bringt ihn die Position als voller taktischer Offizier ein.
Der Krieg prägt ihn. Viele Jahre später gibt er zu, dass er nicht wirklich die Cardassianer hasst, sondern vielmehr die Person, die sie und der Krieg aus ihm gemacht haben. O'Brien dient auf einem halben Dutzend Raumschiffen, nimmt dabei an 232 Kampfhandlungen teil und wird 15 Mal von der Sternenflotte ausgezeichnet. Wegen seines umfangreichen Militärwissens, gilt er als Experte des Raumschiffkampfes.
Seit der Indienststellung der Enterprise-D dient O'Brien als Steuermann und später als Ingenieur und Transportertechniker unter Captain Picard. Während seiner Tätigkeit an Bord hat er zeitweise den Rang eines Lieutenants inne, vermutlich da er eine entsprechende Position als Chief besetzt.
Auf dem Schiff heiratet er seine Frau Keiko, mit der auf dem Schiff ihre gemeinsame Tochter Molly bekommt.
Während seiner Dienstzeit auf der Enterprise nähern sich Föderation und Cardassianer an, was schließlich in einem Friedensvertrag gipfelt. Sein ehemaliger Kommandant Captain Maxwell nimmt dies nicht hin und greift eigenmächtig cardassianische Schiffe und Außenposten an. Dank O'Briens Eingreifen wird Schlimmeres verhindert, Maxwell gestoppt und der Friedensvertrag bleibt bestehen.
Nach fünf Jahren Dienst an Bord des Schiffes wechselt er zur Raumstation Deep Space Nine und wird dort Chefingenieur. Er vollbringt nahezu Unmögliches, als er alte cardassianische Technologie mit Föderationstechnik verbindet und die Station am Laufen hält.
Zunächst steht er dem leitenden medizinischen Offizier Julian Bashir sehr distanziert, fast feindselig gegenüber, doch dann entwickelt sich eine echte Freundschaft zwischen ihnen. Neben den Dart-Runden, gehen sie gerne zusammen Holo-Abenteuer erleben. Oft reden beide über die Familie und den Druck den Bashir als genetisch veränderter Mensch aushalten muss.
Keiko begleitet ihren Mann auf die Station und bringt an Bord ihr zweites Kind, den Sohn Kirayoshi zur Welt. Als Worf als Taktischer Offizier an Bord kommt wird ihre Bekanntschaft von der Enterprise zu einer echten Freundschaft.
Während seines Dienstes auf DS9 und dem der Station zugeteilten Raumschiff Defiant, wird Miles wegen Spionage von einem Volk aus dem Gamma-Quadranten zu 20 Jahren Haft verurteilt und sitzt sie komplett ab. Dies geschieht jedoch nur durch implantierte Erinnerungen, dennoch sind die Erinnerungen an seine jahrelange Haft real. Seine starken psychischen Probleme werden durch regelmäßige Besuche bei einem Counselor und seine Freunde geheilt. Er braucht lange Zeit um sich wieder an das Stationsleben und seinen Beruf zu gewöhnen.
Nach dem Ende des Dominionkrieges wird er Dozent an der Sternenflottenakademie und seine Familie begleitet ihn auf die Erde.
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