Sein Gewissen quält ihn jedoch so sehr, dass er schließlich seinen Fehler und die Fälschung der Berichte gesteht und unehrenhaft aus der Sternenflotte entlassen wird. Er geht nach Frankreich und widmet sich dem Akohol, den Frauen und Pool spielen.
Schließlich trifft er Chakotay, welcher ihn für den Maquis anwerben will. Tom will endlich wieder Raumschiffe fliegen und stimmt zu. Als er auf eine Mission geschickt wird, schnappt ihn die Sternenflotte und schickt ihn in das Gefangenenlager in Auckland, Neuseeland.
Captain Janeway holt ihn aus dem Lager und nimmt ihn als Berater mit auf die Voyager, da er einer der besten verfügbaren Piloten und Badlands-Experten ist. Als die Voyager im Delta-Quadranten strandet, wird er im Rang eines Lieutenants JG wieder in den aktiven Dienst übernommen und ersetzt die getötete Lieutenant Stadi als Steuermann der Voyager.
Tom wird ein zuverlässiger und geschätzter Offizier und Freund von Harry Kim, mit dem er oft seiner Leidenschaft Holo-Romane durchzuspielen und zu programmieren nachgeht. Zuächst wird er von der Sternenflottencrew und auch den ehemaligen Maquis als Verräter angesehen, nachdem er Chakotays Leben rettet, verspricht dieser ihm jedoch Schutz. Im Laufe der Zeit erlangt er den Respekt und die Achtung der gesamten Besatzung als zuverlässiger Steuermann der Voyager.
Er verliebt sich zunächst in Kes, geht dann aber eine Liebesbeziehung zu B'Elanna ein und heiratet sie. Gemeinsam haben sie eine Tochter, Miral. Zunächst möchte B'Elanna die klingonischen Merkmale des Fötus verändern, damit es ein rein menschliches Kind wird. Sie will ihm eine ähnlich schwierige Kindheit wie ihre eigene ersparen. Tom überzeugt sie jedoch, dass ihrem Kind das nicht passieren wird und verhindert die Veränderungen.
Captain Janeway schlägt Paris für eine Ehrung vor, da er mit einem modifizierten Shuttle erstmals Warp 10 erreicht und damit Transwarpgeschwindigkeit. Das Experiment hat jedoch massive Auswirkungen auf ihn und er entwickelt sich innerhalb von 24 Stunden in eine mögliche zukünftige Form des Menschen, die an einen Molch erinnert. Die Veränderungen können jedoch vom Doctor der Voyager wieder rückgängig gemacht werden.
Wegen Befehlsverweigerung - er verstößt gegen die Oberste Direktive - wird er zum Ensign degradiert, später jedoch wieder zum Lieutenant JG befördert. Das angespannte Verhältnis zu seinem Vater wird durch die große Entfernung nach und nach besser, so dass sein Vater schließlich sogar Hauptbefürworter des Pathfinder-Projekts wird um Kontakt zur Voyager herzustellen und das Schiff mit seinem Sohn zurückzuholen.
Nach der Rückkehr der Voyager ist Tom Paris zu einer kleinen Berühmtheit geworden und erzählt 2281 unter anderem auf der Cerritos von seinen Abenteuern auf der Voyager. Er hat mittlerweile den Rang eines Lieutenants inne.
