Während des Kriegs mit den Klingonen wird die Enterprise aus dem Geschehen herausgehalten. Nach ihrer Rückkehr hat sie diverse Systemausfälle und muss zunächst repariert werden. In dieser Zeit übernimmt Pike das Kommando über die U.S.S. Discovery. Während dieser Zeit kommt er mit einem Zeitkristall in Kontakt, der ihm seine Zukunft im Rollstuhl offenbar. Dennoch beschließt er dieses Opfer zu bringen und nichts an seinem Schicksal zu ändern.
Trotzdem hadert Pike mit dem Wissen um sein Schicksal. Es fällt ihm nicht leicht damit umzugehen und beinahe hätte er nach der Reparatur der Enterprise nicht erneut das Kommando übernommen. Letzetn Endes tritt er eine weitere 5-Jahres-Mission mit dem Schiff an, da es bis zu dem wohl unvermeidlichen Schicksal, bei dem er mehrere Leben rettet noch zehn Jahre Zeit sind. Als er einen Jungen kennenlernt, die er später bei dem Unfall nicht schafft zu retten, beschließt er aktiv zu werden und das Schicksal zu ändern. Dies würde jedoch langfristig zu einem Krieg mit den Romulanern führen, da Kírk nicht Captain der Enterprise wird und Millionen leben kosten. Dies erfährt er durch sein eigenes Ich, das aus dieser Zukunft mit Hilfe eines Zeitkristalls zu ihm reist und ihn warnt die Zeitlinie zu ändern, auch wenn er sein eigenes Leben und das aller Kadetten retten würde. Daraufhin akzeptiert er sein Los.
Nach seinem Dienst auf der Enterprise, wird Pike zum Flottencaptain befördert und später bei einem schweren Unfall lebensgefährlich verletzt. Pike landet im Rollstuhl und kann sich noch nicht mal mehr richtig verständigen. Schließlich wird er von seinem ehemaligen Offizier Spock entgegen aller Befehle auf den Planeten Talos IV zurückgebracht und verbringt dort seinen Lebensabend. Man setzt die für den Flug nach Talos IV angesetzte Todesstrafe für Spock aus und gestattet Pike auf Grund seiner Verdienste auf dem Planeten zu verweilen.
