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Spock hat sich geopfert um die Enterprise zu retten und seine Freunde lassen seine Leiche auf dem paradiesischen Genesisplaneten zurück. Doch vor seinem Tod stellte er eine Gedankenverschmelzung zu McCoy her, damit im Falle seines Todes seine Katra nicht verloren geht. (Siehe Star Trek II)

McCoy scheint von der Gedankenverschmelzung verwirrt, zwei Geister kämpfen in ihm um die Kontrolle. Sarek, Spocks Vater, klärt Kirk auf und sagt, dass man Spocks Körper bräuchte um seine Katra wieder zurückzuführen und ihm dadurch die letzte Ruhe zu ermöglichen.

Da Genesis zur Geheimsache erklärt wurde und der Planet ab sofort eine verbotene Zone ist, verweigert das Sternenflottenkommando Kirks Bitte zu dem Planeten zurückzukehren und Spocks Leiche mitzunehmen. Der Enterprise Crew bleibt zum Wohle von McCoy und Spocks Katra nichts anderes übrig als gegen die Befehle zu verstoßen. Gemeinsam entführen sie die Enterprise und sabotieren das neuste Schiff der Föderation, die Excelsior, damit sie nicht verfolgt werden.

Beim Genesisplaneten angekommen, muss sich die Enterprise einem klingonischen Bird of Prey stellen, dessen Besatzung ein Forschungsschiff der Föderation vernichtete und einige Geiseln auf der Oberfläche des Planeten hält. Unter ihnen Dr. David Marcus und zum großen Erstaunen der Enterprise-Crew, ein junger Spock. Der Genesisplanet scheint ihn verjüngt und belebt zu haben, jedoch fehlt dem Körper die Katra. Der Planet erweist sich als instabil und auch Spocks Körper beginnt immer schneller zu altern.

Die Klingonen töteneine Geisel, um die Enterprise zur Aufgabe zu zwingen. Wie sich herausstellt, war diese Geisel David, James Kirks Sohn. Kirk hat keine andere Wahl, als sein völlig unterbesetztes und schwer beschädigtes Schiff aufzugeben. Zuvor aktiviert er jedoch die Selbstzerstörung und beamt sich mit seinen Freunden von Bord. Als die Crew der Klingonen an Bord beamt, explodiert das Schiff und reißt sie alle in den Tod.

Auf dem zerfallenden Genesisplaneten kommt es zum Kampf zwischen den Klingonen und der Enterprise Mannschaft. Letztlich siegt Kirk gegen den Klingonen Kruge und kapert seinerseits das klingonische Schiff. Sie entkommen im letzten Augenblick dem zerfallenden Planeten und nehmen Kurs auf Vulkan.

Dort angekommen, gelingt es in einem uralten vulkanischen Ritual Spocks Körper und Katra wieder zu vereinen. Spock lebt und McCoys Geist ist wieder klar.