Diese geheime Organisation wird schon in der Sternenflottencharta "Artikel 14, Sektion 31" erwähnt und handelt außerhalb der Gesetze der Föderation und ohne offiziellen Auftrag um teilweise sogar mit inhumanen Praktiken die Vereinigte Föderation der Planeten mit allen Mitteln zu schützen. Ihr Einfluss reicht weit in die Machtzentren der Föderation und Sternenflotte, ohne dass die Allgemeinheit überhauptetwas von dieser Organisation weiß.

Prominentestes Mitglied ist im 23. Jahrhundert sicher Admiral Marcus als höchster Sternenflottenadmiral. Innerhalb der Sternenflotte treten sie gegebenenfalls als Teil des Geheimdienstes auf. Geben sich die Mitglieder zu erkennen, tragen sie in der Regel schwarze Lederkleidung, setzen Abhörmaßnahmen außer Kraft oder Stören die Kommunikation. Sektion 31 unterhält mindestens ein Forschungslabor in London auf der Erde, welches jedoch von Khan vernichtet wird.

Sektion 31 Mitglied im 22. Jahrhundert:

Uniformen von Sektion 31 im 23. Jahrhundert:

Das geheime Raumschiff von Sektion 31:

Zu einer ihrer großen Aktionen kommen sie im 23. Jahrhundert, als Admiral Marcus Khans Schläferschiff entdeckt und ihn dazu zwingt im Geheimen Waffen und Strategien zu entwickeln. Laut den Comics befeuert Sektion 31 den Konflikt mit den Klingonen mit dem Ziel einen Krieg zu beginnen, da sie nicht davon ausgehen, dass beide Großmächte nebeneinander existieren können.
Zudem baut Sektion 31 ein gigantisches Kriegsschiff, welches jedoch durch die Enterprise beschädigt wird. Nach Star Trek Into Darkness verfolgt Sektion 31 in den Comics weiter Pläne die Klingonen auszuschalten.