Acht Jahre nach dem fehlgeschlagenen Coup der Remaner im Film "Nemesis" wird der Planet Romulus erneut Schauplatz von Ereignissen, die das politische Gefüge im Universum aus dem Gleichgewicht zu reißen drohen. Eine Supernova droht alles Leben auf dem Planeten Romulus auslöschen. Spock setzt alles daran Romulus zu retten. Nur knapp schafft Spock es nicht die Vernichtung des Planeten mit der seltenen Roten Materie abzuwenden und Nero gibt ihm und seinem gesamten Volk die Schuld daran, denn auch seine Frau stirbt auf Romulus.

Nero wird im endenden 24. Jahrhundert in die Vergangenheit gerissen, zusammen mit Spock, welcher jedoch erst 25 Jahre nach ihm ankommt. Nero rückt von seinem Plan nicht an, er will auch an Spock, den Vulkaniern und der Föderation rächen. Durch die Ankunft und das Eingreifen Neros im 23. Jahrhundert, ändert sich die darauffolgende Zukunft grundlegend und eine alternative Zeitlinie (Kelvin-Zeitlinie) wird geschaffen. Nero zerstört die U.S.S. Kelvin, das Schiff auf dem Kirks Eltern dienen, doch da sein Schiff schwer beschädigt ist, wird er laut den Comics von den Klingonen gefangen genommen. 25 Jahre ist er mit seiner Crew in Haft und wartet auf die Ankunft Spocks. Schließlich flieht er und beginnt kurz darauf seinen Vernichtungsfeldzug.

So muss sich die junge Crew um Kirk an Bord des neusten Sternenflottenraumschiffs, der U.S.S. Enterprise, ihrem überlegenen Gegner aus der Zukunft stellen und ihn davon abhalten, auf seinem Rachefeldzug die gesamte Föderation zu vernichten. Noch bevor er gestoppt werden kann, zerstört Nero den Planeten Vulkan. Es ist eine neue alternative Zeitlinie geschaffen worden die die Abenteuer des legendären Captain Kirks im 23. Jahrhundert von Beginn an zeigt. Anders als in der alten Zeitlinie müssen Kirk und Spock erst zu dem dynamischen Team zusammenwachsen, welches sie eigentlich waren. Unterstützt werden sie dabei von Botschafter Spock, welcher sich nach der Vernichtung seiner Heimat nun um die hinterbliebenen Angehörigen seines Volkes kümmert.

Hinter den Kulissen