In der Sternenflottencharta, Artikel 14, Sektion 31 steht unter anderem, dass es "in Zeiten außergewöhnlicher Bedrohungen erlaubt ist, die Vorschriften außer Kraft zu setzen." Der Eintrag ist bereits in der Charta der Erd-Sternenflotte im 22. Jahrhundert unter Dienstvorschrift, Artikel 14, Paragraph 31 zu finden.
Basierend auf diesem Eintrag in der Charta wurde die Organisation "Sektion 31" gegründet. Die Organisation handelt außerhalb der Gesetze der Föderation und ohne offiziellen Auftrag, teilweise sogar mit inhumanen Praktiken um die Vereinigte Föderation der Planeten mit allen Mitteln zu schützen.

22. und 23. Jahrhundert
Während sie im 22. Jahrhundert vor der Föderationsgründung im Geheimen agieren, stellen sie im 23. Jahrhundert einen machtvollen Teil der Sternenflotte dar. Ihnen stehen modernste Technologien zur Verfügung, eigene tarnfähige Schiffe und Crews, sogar ein eigenes Uniformabzeichen. Sektion 31 hat eine eigene Raumstation als Hauptquartier, auf der die KI "Control" untergebracht ist. Nach dem Krieg mit den Klingonen beginnt die Sternenflottenadmiralität die KI zu nutzen, um künftig besser auf Angriffe vorbereitet zu sein. Die KI gibt Empfehlungen, doch einige Personen wollen ihr direkt die komplette Kontrolle über die Befehlsgewalt geben.

Control gerät dann jedoch außer Kontrolle und tötet großflächig Sektion 31 Mitglieder und übernimmt die Kontrolle ihrer Computer und kann somit die Sektion 31 Schiffe steuern, ehe die KI gestoppt werden kann. Man erkennt, dass man sich nicht allein auf KIs verlassen kann und ein Umdenken in der Sternenflotte beginn. Vermutlich resultiert daraus, dass die Organisation von der öffentlichen Bildfläche verschwindet und sie wieder im Geheimen agiert.

24. Jahrhundert
Zu Beginn des 24. Jahrhunderts hat Sektion 31 Control wieder reaktiviert oder eine neue Control KI erschaffen. Diese organisiert nun die Missionen für die Agenten. Die Missionen finden durchaus auch außerhalb des Föderationsraums statt und in Regionen, zu denen die Föderation offiziell keinen Zutritt hat.

Zu dieser Zeit arbeiten Agenten nicht nur alleine, sondern sind ebenfalls in Squads organisiert. Wenigstens vier dieser Squads existieren (Alpha bis Gamma). In dieser Zeit kommt es auch vor, dass offiziell Sternenflottenangehörige nach Sektion 31 abkommandiert werden, so geschehen bei Lieutenant Rachel Garrett. Die Technologie von Sektion 31 scheint der der Sternenflotte voraus zu sein.

Im späteren 24. Jahrhundert ist Sektion 31 wieder eine geheime Organisation, über die fast niemand etwas weiß. Über ihre Aktionen wird logischerweise nur wenig bekannt. Jedoch wurde der Virus, welcher einen Genozid der Gründer des Dominions auslösen sollte von Sektion 31 erschaffen und verbreitet. (Weitere Prä-Streaming Informationen zu Sektion 31 sind hier zu finden.)