Offiziere der Sternenflotte werden bis etwa 3072 in der Sternenflottenakademie (Starfleet Academy) ausgebildet. Dies dauert in der Regel 4 Jahre. Mannschaftsausbildungen sind kürzer und aufgabenspezifischer. (siehe auch die Ränge)
Etwa 3089 verlassen Föderation und Sternenflotte die Erde und entsprechen wird auch die Akademie in San Francisco geschlossen. Rund 120 Jahre lang dient das Kriegscollege als Alternative zur Ausbildung von Offizieren.
3192 wird die Sternenflottenakademie in San Francisco wieder eröffnet. Ergänzend zum Ausbildungsgelände auf der Erde, dient die U.S.S. Athena als Teil der Akademie und gilt als Teil des Campus. Die Ausbildung findet an Bord des Schiffes und im Campus in San Francisco statt.
Kadetten müssen im 32. Jahrhundert durch eine "Erscheinungsregulierung", welche ihr Aussehen gegen ihren Willen ändert, zum Beispiel den Haarschnitt. Dies scheint aber nur manche Spezies zu betreffen, da Klingonen ihre langen Haare oder sogar Piercings und Ohrringe behalten und auch Mitglieder anderer Spezies Ringe und ähnlichen Schmuck tragen dürfen.
Ebenfalls müssen alle Kadetten eine medizinische Untersuchung durchlaufen. Körperliche Fitness scheint jedoch zumindest beim ersten Jahrgang keine Rolle zu spielen, vermutlich da man generell einen Mangel an Kadetten hat und auch übergewichtige Personen zur Akademie zulässt, anders als zum Beispiel noch im 24. Jahrhundert, als es harte Zulassungskriterien und Prüfungen gab und die Zulassung zur Akademie ansich schon eine Auszeichnung war.
Die Kadetten müssen Wahlfächer belegen, im ersten Jahr zwei, im zweiten Jahr eines. Diese Fächer werden zusätzlich zum regulären Unterricht absolviert. Es gibt auch Clubaktivitäten in der Akademie, wie den Opernclub.