Photoniktorpedo
Photoniktorpedos ersetzten im 22. Jahrhundert die zuvor genutzten Fusionstorpedos (Spatial Torpedos). Diese Torpedos sind die erste Generation von Antimateriewaffen. Die Reichweite (50x höher) und Detonationsstärke ist um einiges höher als bei dem Vorgänger, zudem lassen sie sich in der Stärke variieren.

Photonentorpedo
Photonentorpedos lösen eine gewaltige Explosion durch die Reaktion von Materie und Antimaterie aus. Die Nutzung auf kurze Distanz ist selbst bei aktivierten Schutzschilden kritisch.
Torpedos können ein eigenes Zielsuchsystem verwenden oder auch ungezielt abgefeuert werden. Anders als Phaser können sie auch im Warpflug eingesetzt werden, denn sie sind mit einem eigenen Antrieb ausgestattet.
Ähnlich wie bei Phasern kann man die Effektivität eines Torpedos beeinflussen. Je nach Einstellung und Ladung ist möglich, dass er bei der Explosion nur geringen Schaden anrichtet.

Quantentorpedo
Quantentorpedos sind um ein vielfaches schlagkräftiger als Photonentorpedos und wurden für den Kampf mit den Borg entwickelt. Anders als klassische Photonentorpedos nutzen sie einen Plasmasprengkopf.
Es sind nicht alle Sternenflottenschiffe mit diesem Typ Torpedos ausgerüstet.