Erbaut wurde die Enterprise-E im San Francisco Starfleet Raumdock. Die Sovereign-Klasse ist ein weiteres Projekt, das wie die Defiant-Klasse, zum Schutz vor den Borg gestartet wurde. Durch das Auftauchen immer neuer Bedrohungen entschied sich die Sternenflotte dazu, militärisch mehr präsent zu sein. Deshalb ist die Sovereign-Klasse auch in erster Linie ein Kampfschiff, auch wenn es durchaus wissenschaftliche Aufgaben übernehmen kann. Außerdem wurden noch eine Vielzahl neuer Systeme installiert. Dazu gehören Quantentorpedos, ein verbesserter Impulsantrieb und ein neuer Warp-Antrieb, der Störungen im Subraum eliminiert.

Vermutlich hieß die U.S.S. Enterprise - E zunächst U.S.S. Sovereign und wurde dann nach der Zerstörung der Enterprise-D umbenannt. In Star Trek First Contact wird die Enterprise zu einem großen Teil von den Borg assimiliert, aber letztendlich wird sie wieder repariert. In Star Trek Nemesis rammt die Enterprise ein remanisches Kriegsschiff und verliert die vorderen Abteilungen der Untertassensektion. Nach der Schlacht wird die Enterprise-E im Dock wieder repariert.