Als Kind wird der lernschwache Julian Bashir von seinen Eltern zu Ärzten gebracht, welche ihn trtoz des in der Föderation geltenden Verbots genetisch aufwerten. Vor allem motorische und geistige Fähigkeiten werden angepasst. Lange Zeit hält er dies erfolgreich geheim und schließt absichtlich die Akademie nicht als Jahrgangsbester ab, um keine zu große Aufmerksamkeit auf sich zu ziehen.
Im Rang eines Lieutenant JG wird Julian Bashir als leitender Medizinischer Offizier auf die Raumstation Deep Space 9 versetzt. Anfangs hüllt er sich in die Aura eines schüchternen, jungen und abenteuerlustigen Abenteurers, der sich von der Raumstation viel Spaß verspricht.
Als Dr. Zimmerman eine Vorlage für ein neues Medizinisches Hologramm sucht und seine Wahl auf Dr. Bashir fällt, stellt er Nachforschungen über ihn an. So kommt die genetische Verbesserung ans Licht. Trotz des Verbots darf er seinen Posten und Rang behalten, da seine Eltern die volle Verantwortung übernehmen. Seine Maskerade des Schüchternen Abenteurers legt er nun langsam ab.
Julian verliebt sich in Jadzia Dax, welche seine Annäherungsversiche jedoch freundlich ignoriert. Zunächst stehen sich er und Miles O'Brien sehr distanziert, fast feindselig gegenüber, doch dann entwickelt sich eine echte Freundschaft zwischen ihnen. Neben den Dart-Runden, gehen sie gerne zusammen Holo-Abenteuer erleben. Außerdem freundet Julian sich mit dem "Schneider" Garak an.
Kurz vor dem Ausbruch des Dominionkriegs wird Bashir entführt und durch einen Gründer ersetzt. Etwa einen Monat lang bleibt dies unbemerkt, ehe der echte Bashir aus seiner Gefangenschaft fliehen kann. In der Zwischenzeit verhindert der Gründer jedoch, dass das Wurmloch verschlossen werden kann und ebnet so den Weg für die Invasionsflotten des Dominions, ehe er getötet wird.
Später geht Julian eine Beziehung zum neuen Dax-Wirt Ezri ein.