Während der Besatzungszeit gehörte Kira dem bajoranischen Widerstand an und führte in der Widerstandszelle von Shakaar Angriffe auf die Cardassianer. Die Cardassianer verschleppten ihre Mutter und im Widerstand verbrachte sie mehr Zeit, als bei ihrem eigenen Vater, so dass sie nicht an seinem Sterbebett bei ihm sein kann. Auch dafür gibt sie den Cardassianischen Besetzern die Schuld.
Sie tritt nach dem Rückzug der Cardassianer in die bajoranische Miliz ein und wird als Major stellvertretende Kommandantin und Verbindungsoffizier zur Föderation auf DS9 unter Commander Sisko. Sie benötigt eine lange Zeit um ihren Hass gegen die Cardassianer zu überwinden, auch wenn ihre Vorurteile und das Misstrauen wohl nie ganz verschwinden werden.
Lange bewundert Odo Kira, doch er traut sich nicht ihr seine Liebe zu gestehen. Als sie im Laufe der Jahre immer neue Beziehungen beginnt, erträgt er es schweigend. Als er sich es dann doch endlich traut, werden sie ein Paar.
Kira wird zum Colonel befördert und unterstützt Odo während des Dominionkriegs während seiner Infektion durch Sektion 31, bis er von Bashir geheilt werden kann. Um den cardassianischen Widerstand gegen das Dominion unterstützen zu können, wird Kira ein Offizierspatent der Sternenflotte im Rang eines Commanders ausgestellt. Schließlich kapituliert das Dominion.Odo willigt ein, in die Große Verbindung zurückzukehren um alle angehörigen seines Volkes zu heilen. Ob er jemals wieder aus der Großen Verbindung zurückkehren wird ist unklar. Kira verabschiedet sich von ihm und übernimmt nach dem Verschwinden von Ben Sisko das Kommando über DS9.