Jake Sisko lebt zusammen mit seinem Vater Benjamin und seiner Mutter Jennifer auf der U.S.S. Saratoga. Als das Schiff bei der Schlacht von Wolf 359 zerstört wird, verliert er seine Mutter und zieht mit seinem Vater zur Erde.
Als Benjamin Sisko als Kommandant nach DS9 versetzt wird, begleitet Jake ihn. Zunächst fühlt er sich auf der Station verloren, lernt dann jedoch Ferengi Nog kennen und wird sein bester Freund. Anders als sein Vater, möchte Jake nicht der Sternenflotte beitreten. Viel lieber schreibt er Romane und Geschichten. Während des Dominionkrieges arbeitet er als Redakteur für den Nachrichtendienst der Sternenflotte auf der Station, während sein Vater Krieg gegen das Dominion führt.
Als Ben zu den Propheten geht, bleibt er als "Sohn des Abgesandten" auf DS9 zurück und hofft auf eine schnelle Rückkehr seines Vaters.