Jonathan Archers Vater ist an der Etwicklung des Warp-5-Antriebs beteiligt. Später ist Jonathan Testpilot und hilft bei der Feinabstimmung und Weiterentwicklung des Warpantriebs. Die Enterprise NX-01 ist das erste Schiff der irdischen Sternenflotte, welches den neuen Antrieb nutzt. Das Kommando wird Captain Archer übergeben.
Seit langer Zeit verbindet ihn eine Freundschaft mit Trip Tucker, den er auch als Chefingenieur auf das Schiff holt. Zu Erika Hernandez, Captain der Columbia, hatte er früher eine Liebesbeziehung, versteht sich aber noch heute sehr gut mit ihr.
Als Captain stellt Archer zu vielen Zivilisationen und Spezies den Erstkontakt her und ist maßgeblich daran beteiligt Frieden in dem Sektor zu stiften. Er schlichtet zwischen alten Feinden wie den Andorianern und Vulkaniern und seine Bemühungen führen nach dem Irdisch-Romulanischen-Krieg zur Gründung der Vereinten Föderation der Planeten.
Später wird Archer zum Admiral im Sternenflottenkommando, anschließend Botschafter auf Andoria und Mitglied im Föderationsrat. Ihm wird schließlich sogar die Ehre zuteil, Präsident der Föderation zu werden. (ENT: Die dunkle Seite des Spiegels)