Der Film schließt direkt an Star Trek II an. Wichtige Personen aus dem Film Die Enterprise-A unter dem Kommando von Captain James Kirk wird entsendet um eine Geiselnahme auf Nimbus III zu beenden. Der Planet gilt als "Planet des galaktischen Friedens", denn auf ihm wurde von der Föderation, den Klingonen und den Romulanern der Versuch unternommen, dort gemeinsam zu leben. Doch statt einem Paradies, ist die Welt eine trostlose Steppe. In dieser Trostlosigkeit schafft es der Vulkanier Sybok, welcher sich gegen die Philosophie und Lehren seines Volkes wandte, die Bevölkerung zu beeinflussen, eine Geiselnahme von den Botschaftern der drei Großmächte vorzutäuschen und die Enterprise herzulocken. Die Crew findet heraus, dass es sich bei Sybok um einen Halbbruder Spocks handelt, doch sie stellen zu spät fest, dass gar keine Geiselnahme vorliegt, sondern sie getäuscht wurden, damit Sybok ein Schiff bekommt, mit dem er nach Sha Ka Ree, dem vulkanischen Gegenstück zum irdischen Garten Eden, suchen will. Die Enterprise bricht in das Zentrum der Galaxie auf, welches bisher noch kein Raumschiff erreichen konnte. Als sie eine mächtige Barriere durchdringt, was sie nur dank modernster Technologie schafft, entdeckt man wirklich einen Planeten, der Sha Ka Ree sein könnte. Als sich die Mannschaft den Planeten erkundet, entdeckt man ein mächtiges Wesen, welches sich als Gott jeglicher Spezies ausgibt. "Gott" verlangt ein Raumschiff, welches ihn von diesem Ort wegbringen soll. Sybok, der zunächst daran geglaubt hatte sein Ziel erreicht zu haben, wundert sich genau wie alle anderen. Es wird offensichtlich, dass "Gott" nur ein mächtiges Wesen ist, welches hinter der Barriere gefangen ist. Sybok opfert sich um der Enterprise-Crew die Flucht zu ermöglichen. Anschließend wird das Wesen mit den Bordwaffen vernichtet. Hintergrundinformationen aus den Romanen - Der Eine Vor 1 Millionen Jahren beginnen ein paar göttlichen Existenzen das bekannte Multiversum zu manipulieren und löschen dabei ganze Spezies aus. Die Q verbannen "den Einen" schließlich hinter die galaktische Barriere in den Mittelpunkt der Milchstraße, damit er keinen weiteren Schaden anrichten kann. Im 23. Jahrhundert wird "der Eine", welcher sich selbst als Erfinder des Monotheismus sieht und "Gott" nennt, von Captain Kirk und der Crew der Enterprise-A entdeckt, als sie durch die Barriere in das Zentrum der Milchstraße vordringen. Sybok wurde von "dem Einen" manipuliert um diesen zu befreien, da er sein Gefängnis nicht aus eigener Kraft verlassen kann. Er wird jedoch zurückgelassen, als Sybok sich opfert und die Enterprise aus dem Bereich fliehen kann.