Bei den Zeitkriegen (auch Temporaler Kalter Krieg oder Temporale Kriege), handelt es sich um einen in diversen Epochen der Geschichte ausgetragenen Konflikt. Die Oberste Temporale Direktive existiert wenigstens seit dem 29. Jahrhundert und soll eigentlich eine Einmischung in die Geschichte verhindern. Die Sternenflotte versucht ein Eingreifen mit temporalen Agenten zu verhindern. Diese Agenten haben ihren Ursprung wenigstens teilweise im 31. Jahrhundert. Als die Temporalen Kriege nach dem 31. Jahrhundert enden, werden sämtliche Zeitreisetechnologie vernichtet und Zeitreisen komplett verboten. Die Sphärenbauer Die Sphärenbauer greifen bereits im 21. Jahrhundert in die Zeitlinie ein. Sie erschaffen die sogenannte "Ausdehnung" ein Bereich des Weltraums in dem die Xindi leben und diese in ihrem Schutz von den Sphärenbauern beeinflusst werden. Die Xindi selbst unterteilen sich in diverse Unterspezies, welche von dem gemeinsamen Ziel, die Erde zu zerstören, geeint werden. Die Sphärenbauer können alternative Zeitlinien sehen, scheinen aber selbst nur über limitierte Zeitreisefähigkeiten zu verfügen. Sie versuchen die Erde im 22. Jahrhundert mit Hilfe der Xindi zu zerstören, um ihre Niederlage im 26. Jahrhundert zu verhindern, ein Kampf an dem auch die Enterprise-J teilnimmt. Ihre Aktivitäten können schließlich von der Enterprise-NX und den Xindi im 22. Jahrhundert beendet werden, als sie erkennen, dass sie nur benutzt werden. Der Future Guy Der temporale Agent Daniels arbeitet mit Captain Archer im 22. Jahrhundert zusammen um das Eingreifen des aus dem 29. Jahrhundert stammenden "Future Guys" in dieser Epoche zu unterbinden. Diesem scheint es zwar nicht möglich durch die Zeit zu reisen, dennoch nimmt er großen Einfluss auf die Suliban. Er überzeugt eine Gruppe, die sogenannte Cabal, von seinen Plänen und nimmt massive genetische Veränderungen ihnen vor. Zudem stattet er ihre Raumschiffe mit Tarnvorrichtungen aus. Er kämpft gegen die Föderation, die Klingonen und Sphärenbauer. Der "Future Guy" könnte ein Romulaner aus der Zukunft gewesen sein, welcher versucht die Erde vor dem kommenden irdisch-romulanischen Krieg zu schwächen oder zerstören, damit die Romulaner siegreich sein könnten. Er konnte jedoch gestoppt werden. Die Na'kuhl Die geheimnisvollen Na'kuhl sind eine weitere Fraktion im Temporalen Kalten Krieg. Sie verändern die Zukunft grundlegend, indem sie auf der Erde des 20. Jahrhunderts die Nazis bei der Eroberung Amerikas unterstützen. Schließlich können sie jedoch von Daniels und der Enterprise gestoppt werden. Die Zeitlinie stellt sich selbst wieder her. Der Hüter der Ewigkeit Bereits im 23. Jahrhundert wird der Hüter der Ewigkeit (auch: Wächter der Ewigkeit, im Original: Guardian of Forever) entdeckt. Ein uraltes Konstrukt, welches Zeitreisen erlaubt. Er achtete darauf, dass man nichts verändert, aber grundsätzlich stand er jedem zur Verfügung. Als dann die Zeitkriege begannen, versuchte man den Hüter zu instrumentalisieren, doch dieser tauchte unter. Erst im 32. Jahrhundert wird er wiederentdeckt und ermöglicht Imperator Georgiou, welche aus dem 23. Jahrhundert des Spiegeluniversums stammt, ihre Rückkehr. Zu dieser Zeit hat er sich einen Avatar erschaffen, um zu kommunizieren. Zeitreisen und das Spiegeluniversum Reist man in eine andere Zeit, hat der eigene Körper damit keine Probleme und auch Übertritte in parallele Universen kann man verkraften. Wenn man jedoch beides macht und zum Beispiel vom 23. Jahrhundert der Spiegeluniversums in das 32. Jahrhundert des Primäruniversums reist, stirbt man früher oder später unter schrecklichen Schmerzen. So wäre es auch Imperator Georgiou ergangen, hätte der Hüter der Ewigkeit sie nicht zurück geschickt. Auch im 32. Jahrhundert ist keine Möglichkeit bekannt dies zu verhindern, außer in das eigene Universum oder die eigene Zeit zurückzukehren. Dies ist jedoch durch die Zerstörung der Technologien dazu und das verbot der Zeitreisen, was auch ein Verbot von Übertritten in parallele Universen beinhaltet, unmöglich.

Zeitagent Daniels (22. Jhdt./31. Jhdt.): Hologramm eines Zeitagenten: Offiziere eines Zeitschiffs (29. Jhdt.): Zeitschiff Relativity (29. Jhdt.): Archer betrachtet die Enterprise-J (26. Jhdt.): Der Hüter der Ewigkeit (32. Jhdt.):

Der Future-Guy spicht zu den Suliban: Diverse Xindi: Die Xindi-Waffe im Anflug auf die Erde: Sphärenbauer: Eine Sphäre (22. Jhdt.): Na'kuhl im 20. Jahrhundert: