2164 verschwindet das Raumschiff Franklin unter dem Kommando von Captain Edison und die Crew wird als vermisst erklärt. Erst im Jahr 2263 wird die Franklin abgestürtzt auf den Planeten Altamid wiederentdeckt.
In der Zwischenzeit hat die Mannschaft um ihr Überleben gekämpft, der sowieso schon Föderationskritische Captain wird durch seine Zeit auf dem Planeten zu Verächter der Föderation. Auf dem Planeten finden sie von einer alten Spezies zurückgelassene Ausrüstung, darunter Drohnenschiffe und lebensverlängernde Techologie.

Edison und seine Crew verlassen das Wrack, beginnen die Technologie des fremden Volkes zu nutzen und locken immer wieder Schiffe für neue Lebenskraft zu dem Planeten, unter ihnen auch Jaylah und ihre Leuten. Diese Technologie entzieht einem Opfer Lebenskraft und es stirbt, doch der Empfänger übernimmt die Äußerlichkeiten seines Opfers, weshalb der sich mittlerweile Krall nennende Edison nicht mehr wie ein Mensch wirkt.

Währenddessen belauschen Krall und seine Anhänger die Frequenzen der Raumstation Yorktown und schließlich lockt er so 2263 die Enterprise zu seinem Planeten und zerstört sie. Kirk, welcher schon daran dachte als Vizeadmiral die Enterprise zu verlassen und auf die Yorktown zu wechseln, erkennt durch die enge Zusammenarbeit und die Freundschaft zu seinen Führungsoffizieren, wie viel ihm an seiner Aufgabe als Captain liegt. Auch Spock, welcher schwer vom kürzlichen Tod Botschafter Spocks getroffen wurde, überlegte die Sternenflotte zu verlassen, wird sich jedoch durch die Erlebnisse auf dem Planeten bewusst, dass er bei seinen Kammeraden und Freunden bleiben möchte.

Ein Großteil der Enterprise Crew wird von Krall gefangen genommen, doch Kirk, Spock, McCoy und Scotty erhalten von Jaylah Hilfe dabei die Besatzung der Enterprise zu befreien und gemeinsam auf der alten Franklin den Planeten zu verlassen. Als Krall mit seinen Schiffen die Sternenbasis Yorktown angreift, kann er von Captain Kirk gestoppt werden. Krall stirbt an der eigenen mächtigen Biowaffe, welche er gegen die Millionen Lebewesen auf der Yorktown und gegen Milliarden in der Föderation einsetzen wollte.

Hinter den Kulissen

• Der Film erschien 21. Juli 2016 passend zum offiziellen 50. Geburtstag Star Trek Geburtstag in diesem Jahr.
• Am 19. Juni 2016 verstarb der Schauspieler Anton Yelchin, welcher im Reboot Chekov darstellte bei einem tragischen Autounfall im Alter von nur 27 Jahren. Die Dreharbeiten waren zu diesem Zeitpunkt bereits abgeschlossen.
• Die Vorproduktion startete bereits im September 2014, der Drehstart sollte im Februar 2015, wurde jedoch druch Regisseur- und Drehbuchschreiberwechsel auf den 15. April 2015 in Vancouver verschoben. Anfang 2016 gab es einige Nachdrehs.
• Noch vor dem Kinostart des Films wurde Star Trek (1)4 offiziell bestätigt, jedoch nie umgesetzt.
• Einige Ungereimtheiten der Vorgänger werden in Beyond komplett ignoriert, wie zum Beispiel das Beamen von Planet zu Planet oder Khans Blut als Heilmittel. Zwar werden die Ereignisse nicht negiert, doch auch nicht weiter erwähnt.