2346 wurde die Station unter cardassianischer Aufsicht von bajoranischen Zwangsarbeitern gebaut. Früher unter den Cardassianern hieß die Station Terok Nor. Während dieser Zeit diente sie dazu, Bergbauarbeiten auf Bajor zu koordinieren. Beim Rückzug aus dem bajoranischen Sonnensystem gaben die Cardassianer ihre Station auf. Die bajoranische provisorische Regierung stellt DS9 unter Starfleet-Verwaltung.

Die Station ist in mehrere Sektionen unterteilt, darunter der zentrale Habitat-Ring, die Andockpylonen, der Operationsbereich und das Promenadendeck. Die genaue Anzahl der Decks ist unbekannt, man schätzt sie jedoch auf etwa 140.

Deep Space Nine befand sich zunächst in der Nähe von Bajor und wurde dann verlegt. Der damalige Commander Benjamin Sisko flog die Station zum Denorios-Gürtel, als dort ein stabiles Wurmloch entdeckt wurde, durch das man den entfernten Gamma-Quadranten erreichen kann. Die strategisch wichtige Station, der letzte Anlaufhafen vor dem Gamma-Quadranten, wird von der Föderation verwaltet. Die von Starfleet Deep Space Nine genannte Raumstation befindet sich im Denorios-Gürtel, der einen Flug mit Orbitalgeschwindigkeit von fünf Stunden vom Planeten Bajor entfernt ist.

Die Station hat ungefähr 300 permanente Bewohner, hinzu kommen 50 Starfleet-Angehörige. Maximal kann DS9 7000 Personen aufnehmen. Unterteilt ist die Raumstation in 19 Sektionen, verbunden durch Zugangsröhren aus zwei Meter dickem Duranium, einer Substanz, die für die meisten Scanner eine undurchdringliche Barriere darstellt.

Die wichtigste Verteidigungsmaschine Deep Space Nines ist die U.S.S. Defiant, ein Kampfschiff mit starken Waffen und einer von den Romulanern geliehenen Tarnvorrichtung. Sie dient auch zur Erforschung des Gamma-Quadranten. Später baut die Sternenflotte DS9 aus und rüstet sie mit starken Offensiv- und Defensivsystemen aus, um den immer weiter steigenden Bedrohungen gerecht zu werden. Auch sind immer mehrere Runabouts auf DS9 stationiert.