Khan Noonien Singh oder auch einfach nur kurz Khan ist ein im 20. Jahrhundert geschaffener Augment. In den Eugenischen Kriegen auf der Erde herrscht er 1992 bis 1996 als Tyrann über rund ein Viertel der Weltbevölkerung.
Als die Augments nach und nach besiegt werden, flieht Khan mit einigen Getreuen auf dem Schläferschiff Botany Bay. Da über den Start des Schiffes sämtliche Unterlagen vernichtet wurden, stößt die Enterprise unter Captain Kirk im 23. Jahrhundert durch Zufall auf das Schläferschiff, in welchem sich die Augments in Stasis befinden. (TOS: Der Schlafende Tiger)
Die Schläfer werden geweckt und an Bord der Enterprise gebracht. Dort verliebt sich die Historikerin Marla McGivers in Khan und hilft ihm beim Versuch, die Kontrolle über die Enterprise an sich zu reißen. Er wird jedoch gestoppt und gemeinsam mit seinen Gefährten und McGivers auf dem Planeten Ceti Alpha V ausgesetzt. Sie bekommen lediglich die Frachtcontainer der Botany Bay als Behausungen und können sich auf dem fruchtbaren Planeten selbst versorgen. Die Sternenflotte überlässt den Tyrannen seinem Schicksal. Doch schon sechs Monate später ändert sich alles drastisch.
Als der Nachbarplanet explodiert, verschiebt sich die Umlaufbahn des Exilplaneten und er wird zu einer trostlosen Wüstenwelt. Durch die klimatischen Veränderungen, den Nahrungsmangel und die überlebenden und tödlichen einheimischen Tierarten sterben viele der Anhänger Khans, unter ihnen auch McGivers. Khan macht Kirk persönlich dafür verantwortlich. Warum der Sternenflotte dies nicht auffällt, bleibt unklar. In den Romanen wird erwähnt, dass alle Aufzeichnungen über das System aus den Datenbanken gelöscht wurden.
Jahre später gibt es die Chance auf Rache, als das Sternenflottenschiff Reliant den Planeten untersucht. Khan bringt es unter seine Kontrolle und zieht in einen Rachefeldzug gegen den zum Admiral beförderten Kirk. Da James Kirk jedoch der bessere Taktiker im Raumkampf ist, kann Khan besiegt werden und zündet in einer letzten Verzweiflungstat Genesis, um seinen Feind mit in den Tod zu reißen. Dies scheitert jedoch, führt allerdings zur Erschaffung des Genesis-Planeten. (Star Trek II)