Bei dem Temporalen Kalten Krieg handelt es sich um einen von mehreren Parteien ausgetragenen Konflikt, der in diversen Epochen der Geschichte ausgetragen wird.
Die Oberste Temporale Direktive, welche seit wenigstens dem 29. Jahrhundert existiert, soll eigentlich eine Einmischung in die Geschichte verhindern. Um dies und auch die Erhaltung der Zeitlinie sicherzustellen, versucht die Sternenflotte ein Eingreifen verschiedener Personen und Mächte in den regulären Ablauf der Zeit mit temporalen Agenten und Zeitschiffen zu verhindern, welche durch die Zeit reisen können. Diese Agenten und ihre Zeitreisetechnologien haben ihren Ursprung wenigstens teilweise im 29. bis 31. Jahrhundert.

Die Sphärenbauer
Die Sphärenbauer greifen bereits im 21. Jahrhundert in die Zeitlinie ein. Sie erschaffen die sogenannte "Ausdehnung". Dies ist ein Bereich des Weltraums, in dem die Xindi leben und in ihrem Schutz von den Sphärenbauern in deren Sinne beeinflusst und gesteuert werden. Die Xindi unterteilen sich in diverse Unterspezies, welche aber alle von dem durch die Sphärenbauer beeinflussten Ziel die Erde zu zerstören, geeint werden.
Die Sphärenbauer können alternative Zeitlinien sehen, scheinen aber selbst nur über limitierte Zeitreisefähigkeiten zu verfügen. Sie versuchen die Erde im 22. Jahrhundert mit Hilfe der Xindi zu zerstören, um ihre Niederlage im 26. Jahrhundert zu verhindern, ein Kampf an dem auch die Enterprise-J teilnimmt. Ihre Aktivitäten können schließlich von der Enterprise-NX und den Xindi im 22. Jahrhundert beendet werden, als sie schließlich erkennen, dass sie manipiluert und für Zwecke Anderer benutzt werden.

Der Future Guy und die Suliban
Der temporale Agent Daniels arbeitet mit Captain Archer im 22. Jahrhundert zusammen um das Eingreifen des aus dem 29. Jahrhundert stammenden "Future Guys" in dieser Epoche zu unterbinden. Diesem scheint es zwar nicht möglich durch die Zeit zu reisen, dennoch nimmt er großen Einfluss auf die Suliban.
Er überzeugt eine Gruppe, die sogenannte Cabal, von seinen Plänen und nimmt massive genetische Veränderungen ihnen vor. Zudem stattet er ihre Raumschiffe mit Tarnvorrichtungen aus. Er kämpft gegen die Föderation, die Klingonen und Sphärenbauer.
Der "Future Guy" könnte ein Romulaner aus der Zukunft gewesen sein, welcher versucht die Erde vor dem kommenden irdisch-romulanischen Krieg zu schwächen oder zerstören, damit die Romulaner siegreich sein könnten. Er konnte jedoch gestoppt werden.

Die Na'kuhl
Die geheimnisvollen Na'kuhl sind eine weitere Fraktion im Temporalen Kalten Krieg. Sie verändern die Zukunft grundlegend, indem sie auf der Erde des 20. Jahrhunderts die Nazis bei der Eroberung Amerikas unterstützen. Schließlich können sie jedoch von Zeitagent Daniels und der Enterprise von Captain Archer gestoppt werden. Die Zeitlinie stellt sich anschließend selbst wieder her.