Nach dem Kontakt mit den "neuen Borg", sind sich Anfang des 25. Jahrhunderts Sternenflottenoffiziere wie Captain Shaw von der Titan-A sicher, dass die "wahren Borg" noch da draußen sind und ihre Wunden lecken. Shaw sollte Recht behalten.

Im Jahr 2401 werden Beverly Crusher und ihr Sohn Jack von Unbekannten verfolgt. Offenbar hat man es auf Jack abgesehen, Sohn von Jean-Luc Picard. Es stellt sich heraus, dass die Borg ihn als eine Art biologischen Sender benutzen möchten, um die Menschen zu kontrollieren. Dafür hatten sie bereits bei der Assimilierung Captain Picards vor vielen Jahren die Grundlage gelegt, in seinem Sohn ist diese biologische Technologie nun so weit ausgereift, dass sie genutzt werden kann.

Da die Borg jedoch massiv geschwächt und beinahe ausgelöscht sind, hat die Königin nicht mehr die Macht dazu dies alleine zu tun. Sie verbündet sich mit einigen abtrünnigen Wechselbälgern, die den Frieden mit der Föderation nicht akzeptieren wollen. Das gemeinsame Ziel ist die vernichtung der Sternenflotte. Diese Wechselbälger sind durch Experimente der Sternenflotte während des Dominionkriegs weiter in der Evolution als die aus dem Gamma-Quadranten. Sie können sogar Organe nachbilden und sind durch Scans oder Blutproben nicht aufzuspüren, da sie wirklich Blut haben. Erst wenn sie getötet und näher untersucht werden, zersetzen sich einzelne Elemente der Körper.

Nach und nach schleusen die Wechselbälger auf jedem Schiff und jeder Einrichtung der Sternenflotte Code in die Transporter ein, der die jüngeren Crewmitglieder durch das Beamen befällt und sie durch biologische Technologie empfänglich zur Kontrolle durch den biologischen Sender macht. Die Wechselbälger unterlaufen großflächig die Sternenflotte und ersetzen Schlüsselfiguren, wie Captain Tuvok.

Um sich in der Zwischenzeit am Leben zu erhalten, absorbiert die Königin zahllose andere Borg, so stehen ihr kaum noch Drohnen zur Verfügung. Die verbliebenen sind jedoch sehr robust und nutzen erstmalig Energiewaffen. Sie versteckt sich mit einem gewaltigen Schiff innerhalb des Jupiters und ist so in direkter Nähe zur Erde. Ihre verbliebenen Drohnen nutzen erstmals Energiewaffen, um Feinde auszuschalten und verlassen sich nicht mehr nur auf ihre überlegene Kraft im Nahkampf.

Jack wird als "Vox" in das Borg-Kollektiv assimiliert und beim 250. Tag der Grenze übernehmen die Borg so die Kontrolle über alle jüngeren Offiziere und beginnen damit die älteren Sternenflottenangehörigen zu töten und die Verteidigungsanlagen der Erde zu zerstören. Im letzten Moment kann Jack durch seinen Vater und die Hilfe der anderen ehemaligen Enterprise-Offiziere befreit werden. Dabei kommt ein letztes Mal die restaurierte Enterprise-D aus dem Sternenflottenmuseum zum Einsatz. Die Königin und ihr Schiff werden zerstört und dadurch die Kontrolle der Sternenflottenoffiziere unterbrochen.

Im Nachgang können die Wechselbälger aufgespürt und der Virus durch Admiral Beverly Crusher unschädlich gemacht werden.